Flynn, appassionato di elettronica, si è visto soffiare le sue invenzioni da Dillinger, suo padrone nel passato e ora capo dell'ENCOM, una potente impresa che fabbrica strumenti elettronici. Flynn si è ridotto a gestire una sala di giochi elettronici a pagamento; ma la sua aspirazione è di penetrare nel mondo del suo avversario e palesare le prove della sua disonestà. In realtà Dillinger è dominato da un gigantesco elaboratore elettronico, che è il vero cervello e capo della ENCOM. Il suo nome è MPC (Master Control Programme). Per impedire l'investigazione di Flynn, Dillinger blocca tutte le vie di accesso al MPC. Così Flynn non potrà scoprire le notizie di cui ha bisogno. La decisione di Dillinger urta due ricercatori elettronici, Alan e la sua fidanzata Lora, tanto che decidono di allearsi con Flynn. Così tutti e tre penetrano di notte negli stabilimenti della ENCOM. Ma Flynn è disintegrato in miriadi di particelle elettroniche da MPC. Riprende coscienza in un'altra dimensione e in un altro mondo: quello dei "programmi elettronici", fedele riproduzione degli "inventivi", ossia degli uomini che li hanno creati. Il nome di Flynn è ora Clu. Ritrova i suoi amici: Alan e Lora che sono divenuti rispettivaniente Tron e Yori. Il vecchio professore Dumont che pure aveva protestato per la chiusura degli accessi al MPC è diventato Gibbs e perfino il disonesto Dillinger ora è Sark, capo dei guerrieri di MPC. Flynn-Clu è costretto ad affrontare i programmi da lui stesso concepiti e realizzati. E' una lotta senza tregua che si scatena. Clu riesce a far saltare il cervello di MPC, dopo che ha fatto ampia confessione della disonestà di Dillinger. Il film conclude lietamente: Clu ridiventa Flynn e s'incontra con gli amici a festeggiare nella sua città la sua vittoria.



